對農村房屋買賣合同效力的認定主要適用《合同法》，而合同法的基本精神是意思自治、誠實信用，農村房屋買賣體現了當事人意思自治的原則。而目前有關土地管理法規關于農村宅基地流轉的規定皆為禁止性規定，而不是強制性效力規范，不能以此確認房屋買賣合同的效力。而房屋出賣方在違規出賣房屋獲得利益后，因土地升值、拆遷補償等原因主張合同無效，違反了誠實信用原則。因此如確認此類合同無效，將嚴重損害社會的公序良俗和誠實信用的社會根基，違反誠實信用的賣房者獲益，而遵守誠實信用的買房者卻蒙受損失，賣方贏得了訴訟卻要承擔高額的締約過失賠償責任，而買方獲得了賠償卻要面臨騰房搬遷。
在我國房屋被賦予了很多社會意義，房屋不僅是居住場所，也體現為居住人的財產、社會依附關系。尤其是房屋買賣大多發生在幾年甚至十幾年前，經過多年的經營，房屋買受人對涉案房屋已具有了強烈的認同感，建立了較為穩定的社會關系，確認合同無效意味著買受人穩定的生活將面臨巨大改變，在感情上難以接受。并且大多買賣行為依約履行了合同義務，出賣人交付了房屋，買受人入住并支付了房款，很多辦理了房屋登記變更或宅基地使用權變更登記手續;甚至房屋已經過裝修、翻建、改建等添附行為。因此，需要認真審查房屋買賣的現實情況，包括合同履行、房屋的權屬、是否經過登記、有無翻建、是否具備騰房條件等。
在實踐中要全面考慮到合同無效對雙方當事人利益影響，尤其出賣人因土地升值或拆遷、補償所獲利益，以及買受人因房屋現值和原買賣價格差異受到的損失，來確認房屋買賣合同效力。對于出賣人因土地升值或拆遷補償利益，而惡意主張合同無效的情形，應確認房屋買賣合同有效。判決要以“有利于妥善解決糾紛、有利于規范交易行為”為指導，起到制約農民審慎處分自己房屋的積極效果，以實現裁判的法律效果和社會效果有機統一。
