經濟適用房是政府為了解決中低收入家庭住房問題的產物，享受免交土地出讓金以及減免相關稅費等優惠政策，雖然已購經濟適用房與商品房一樣，擁有完全產權，可以直接在市場上交易，但是由于當初建造經濟適用房的政策性目的在于照顧中低收入群體，所以，已購經濟適用房在出售時，仍受到一定限制。
1、最重要的是對年限的限制
根據七部委聯合發布的《經濟適用住房管理辦法》第三十條規定："購買經濟適用住房不滿5年，不得直接上市交易，購房人因特殊原因確需轉讓經濟適用住房的，由政府按照原價格并考慮折舊和物價水平等因素進行回購。"各地對此又分別做出更為具體的規定，以北京為例，《北京市建設委員會關于已購經濟適用住房上市出售有關問題的通知》(2008.4.8，下稱《通知》)規定："已購經濟適用住房家庭取得契稅完稅憑證或房屋所有權證未滿五年的，不得按市場價格上市出售，確需出售的，產權人應當向戶口所在區縣住房保障管理部門提出申請，由區縣住房保障管理部門通過搖號等方式確定符合條件的購房人(購房人須按照有關規定，已辦理經濟適用住房的購買資格審核手續)，由購房人按原價購買或由區縣住房保障管理部門按原價回購。"可見，已購經濟適用房能否上市要看其取得契稅完稅憑證或房屋所有權證"是否滿5年"，也就是說，按現行政策，未滿5年的經濟適用住房不能上市交易，原則上只能由政府回購。
2、對按原價出售已購經濟適用住房的限制
以北京為例，已購經濟適用住房家庭按原價出售住房的，產權人應向戶口所在區縣住房保障管理部門提交書面申請，并提供原購房合同、房屋所有權證、身份證、戶口本等材料;區縣住房保障管理部門通過搖號等方式確定購房人(購房人須按照有關規定，辦理了經濟適用住房的購買資格審核手續);購房人查驗房屋和相關資料后，與產權人簽訂購房合同，支付購房款，區縣住房保障管理部門登記買賣雙方信息，出具相關證明;買賣雙方持購房合同、區縣住房保障管理部門出具的證明以及其他相關材料，向區縣房屋權屬登記部門申請辦理房屋轉移登記手續。
3、對按市場價格出售已購經濟適用住房的限制
以北京為例，符合滿5年條件，按市場價格出售已購經濟適用住房和按市場價格出售已購商品房不同，交易雙方(尤其是出賣人)須履行特殊義務，即需憑契稅完稅憑證、房屋所有權證、住房轉讓合同、身份證、戶口本等材料到房屋所在地房屋管理部門辦理交易、產權過戶手續，產權人應按原購房價格和出售價格價差的70%補交土地收益等價款。同等價格條件下，已購經濟適用住房產權人戶口所在區縣住房保障管理部門可以優先回購。出售價格低于市有關部門公布的同地段房屋狀況基本相似的普通商品住房價格(以下簡稱指導價格)的，按指導價格計算價差。
需要注意的是，《通知》發布之前簽訂購房合同的已購經濟適用住房上市出售，符合滿5年條件，按市場價格出售的產權人是按出售價格的10%補交土地收益等價款。如出售價格低于地區指導價格按指導價為基數計算應補交的土地收益等。
