如果有以下情況出現，當事人不能通過民政機關辦理協議離婚手續，而必須通過訴訟程序才能離婚：
(1)一方要求離婚，另一方不同意的。
(2)雙方要求離婚，但是對于財產分割、子女撫養等分歧不能達成一致意見的。
(3)一方或者雙方當事人為限制民事行為能力或者無民事行為能力的。 如果一方為精神病患者，被醫院確診為無民事行為能力，民政局是不可以受理離婚申請的，因為民政局不能確定當事人是否具備真實自愿的離婚意愿。同樣，法院也不會直接受理被確定為無民事行為能力的當事人的離婚起訴，包括當事人親屬在內的任何其他人都不能代替當事人起訴離婚，只能由另一方當事人起訴，而由無民事行為能力人的法定監護人作為其代理人參加訴訟。
(4)未辦理結婚登記的。根據現行的法律規定，1994年2月1日以前符合結婚實質要件的當事人，雖然未登記結婚，但以夫妻名義在一起同居生活的，構成事實婚姻。如果解除事實婚姻關系，只能到法院辦理離婚手續;1994年2月1日以后，男女雙方在一起生活，只是同居關系，可以自行解除，不需要到民政局或法院辦理解除關系手續，只是雙方有財產或子女撫養糾紛，才可直接向法院起訴。
(5)雙方是在國外或港、澳、臺登記結婚的。對于不在祖國內地登記的婚姻，不管雙方是否能夠達成協議，只能通過人民法院以訴訟方式離婚。
