分居協議的內容一般包括：夫妻雙方自愿分居的意思表示及夫妻雙方在分居期間的權利、義務;子女的臨時撫養;夫妻共有財產的臨時管理;分居的期限;分居的終止條件。
規定雙方的權利和義務。尤其要說明在分居期間，夫妻雙方不再有義務與其丈夫或妻子同居。
協議中要說明子女有誰撫養，撫養費如何承擔以及探望權如何行使?
可以對分居期間的財產進行約定，如無約定或無法達成協議，則仍視為夫妻共同財產。雙方若同意，可以在協議中規定分居期間雙方不再互相享有家事代理權(但無法對抗善意第三人)，如果一方違反則要賠償另一方的損失。雙方若同意，可以約定分居期間因為一方而產生的債務一律視為個人債務(同樣無法對抗善意第三人)，一方如果違反要賠償另一方的損失。
分居的期限，應以三個月至兩年為限，期限屆滿，如一方當事人依然認為感情無法復合而要求離婚的，可協議離婚或持該協議向法院起訴離婚。
分居的終止。協議分居可基于當事人雙方的協議而終止，但應當制作終止分居的書面協議，或辦理終止分居的公證。
實踐中，幾乎所有公證處都沒有將分居協議明確列入民事協議公證的范圍，當事人如果在當地公證處拒絕受理的情況下，可選擇找當地律師事務所律師見證，或兩個鄰居，同事見證的方式，或者只要雙方同時簽字認可即可，而不必公證及見證。
